המנהל הכללי ממונה על הניהול השוטף של המוסד. תפקידו הוא להגדיר את אופן הפעילות של המנהלים תחתיו והעובדים, להיות אחראי על נכסיו של המוסד, לקבוע אסטרטגיה להצלחתו השיווקית ועוד ועוד.
מר ישי פרנקל – מנכ"ל האוניברסיטה העברית בירושלים – יו"ר פורום המנכ"לים של ור"ה
ד״ר רפי אבירם – מנכ"ל הטכניון
מר טל בן חיים – מנכ"ל אוניברסיטת בן גוריון בנגב
פרופ' אלון הרמלין – סגן נשיא למינהל וכספים מכון ויצמן למדע
מר שרון זייד – מנכ"ל אוניברסיטת חיפה
מר זהר ינון – מנכ"ל אוניברסיטת בר אילן
מר גד פרנק – מנכ"ל אוניברסיטת תל אביב
גב' רות שוהם – מנכ"לית האוניברסיטה הפתוחה
עו"ד יורם שי – מנכ"ל אוניברסיטת אריאל בשומרון